دوره غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)»

دوره آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)» با تدریس سرکارخانم مهندس آزاده کردزاده در سایت آموزش فناوری نانو در اختیار کاربران قرار می‌گیرد.
این دوره شامل 12 ساعت محتوای آموزشی است و علاقه‌مندان پس از ثبت‌نام در دوره، به محتوای دوره دسترسی خواهند داشت. گفتنی است محتوای دوره از طریق بستر سایت آموزش قابل استفاده است و دسترسی به دوره محدودیت زمانی ندارد.
آزمون پایان دوره پس از اتمام مراحل آموزشی و در صفحه دوره برگزار می‌شود و شرکت در آن محدودیت زمانی ندارد.
شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی الکترونیکی پایان دوره فارسی و انگلیسی را دریافت می‌کنند.
دانشجویان رشته‌های شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی می‌توانند از این دوره استفاده کنند.

*** هزینه ثبت‌نام در این دوره 489 هزار تومان است.

لینک زیر جهت ثبت‌نام مستقیم در این دوره آماده شده است:

فصل 1 - شبیه‌سازی مولکولی
1-1- آشنایی با روش‌های شبیه‌سازی مولکولی و اهمیت آن‌ها
2-1- آشنایی با روش دینامیک مولکولی 
3-1- آشنایی با نرم‌افزارهای شبیه‌سازی مولکولی و ویژگی‌های آن‌ها

فصل 2 - نرم افزار گرومکس 
1-2- آشنایی با فضای لینوکس
2-2- آموزش نصب نرم‌افزار گرومکس

فصل 3 - شبیه‌سازی پروتئین  در آب 
1-3- آشنایی با فایل‌های ساختاری، ورودی، خروجی نرم‌افزار
2-3- ساخت جعبه شبیه‌سازی و توپولوژی
3-3- حداقل‌سازی انرژی و به تعادل رساندن سیستم
4-3- اجرای شبیه‌سازی و آنالیز
5-3- تحلیل آنالیزها

فصل 4 - شبیه‌سازی سیستم‌های غیرپروتئینی 
1-4- ساخت توپولوژی با استفاده از سرورهای اتوماتیک 
2-4- اصول محاسبات کوانتومی با نرم‌افزار گوسین 
3-4- شبیه‌سازی داروی داکسوروبیسین در آب 
4-4- شبیه‌سازی پلیمر پلی‌اتیلن گلایکول در اتانول 
5-4- شبیه‌سازی نانولوله کربنی در محیط آبی 
6-4- شبیه‌سازی سیستم دوفازی

فصل 5 - آنالیز نتایج 
1-5- اصلاح میدان نیرو
2-5- ساخت غشای دولایه همراه با پروتئین 
3-5- آنالیزهای مربوط به غشای سلول 
4-5- شبیه‌سازی داروی داکسوروبیسین در آب 
5-5- تعیین برهمکنش‌های واندوالس و الکترواستاتیک
6-5- آنالیز تابع شعاعی 
7-5- آنالیز حلال‌پوشی
8-5- محاسبه ضریب نفوذ
9-5- آنالیز ساختاری پروتئین‌ها

فصل 6- شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت شده
1-6- آشنایی با نمونه‌گیری چتری 
2-6- اصول شبیه‌سازی هدایت شده 
3-6- مراحل آنالیز نمونه‌‌گیری چتری