شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)


شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)
  • تاریخ شروع ۱۴۰۰/۰۶/۲۱
  • زمان دوره ۱۲:۰۰
  • تعداد شرکت کنندگان ۱۳۰
  نرم‌افزار گرومکس GROMACS یکی از برنامه‌های متن باز و رایگان در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است. قدرت این نرم‌افزار به نحوی است که می‌تواند معادلات نیوتنی برای میلیون‌ها ذره را با بیشترین سرعت و دقت شبیه‌سازی کند. همچنین گرومکس در محاسبه تداخلات باند بسیار سریع است، از این جهت بسیاری از گرو‌ه‌ها در تحقیقات مرتبط با  سیستم‌های بیولوژیکی از این نرم‌افزار استفاده می‌کنند. بسته نرم‌افزاری GROMACS به زبان C نوشته شده است. هر چند برای افزايش سرعت، يك سری حلقه‌های داخلی نيز به زبان فرترن به آن الحاق شده است. با اين حال نرم‌افزار با يك كمپايلر C بر روی سيستم عامل لينوكس قابل نصب است و در صورت به كارگيری يك كمپايلر فرترن می‌توان سرعت اجرای برنامه را بالاتر برد.
دانشجویان رشته‌های  شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی می‌توانند از این دوره استفاده کنند.

*** دوره آموزشی غیرحضوری «آموزش نرم‌افزاری گرومکس (GROMACS)» با تدریس جناب خانم مهندسس آزاده کردزاده در سایت آموزش فناوری نانو ارائه شده است. این دوره شامل 12ساعت محتوای آموزشی (ویدیو و آزمون) است و علاقه‌مندان پس از ثبت‌نام، در دوره به محتوای آموزشی دوره دسترسی خواهند داشت.

** آزمون پایان دوره پس از دسترسی به دوره و در صورت پایان مراحل آموزشی بر روی پلتفرم جدید سایت آموزش نانو، به صورت آنلاین برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی پایان دوره (در دو فرمت فارسی و انگلیسی) را دریافت می‌کنند.

*** شرکت در آزمون پایان دوره محدودیت زمانی ندارد و گواهی پایان دوره فارسی و انگلیسی، در صورت کسب حدنصاب لازم در آزمون به شرکت‌کنندگان تعلق می‌گیرد.

افرادی که موفق به ثبت‌نام از طریق همین صفحه نشدند، می‌توانند جهت ثبت‌نام به لینک زیر مراجعه کنند:

 
سرکار خانم مهندس آزاده کردزاده

*** دانشجوی دکتری مهندسی شیمی دانشگاه صنعتی شریف
*** سابقه تدریس آزمایشگاه شیمی فیزیک در دانشگاه صنعتی امیرکبیر و کارگاه‌های آموزشی GROMACS
*** تألیف مقاله ISI در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نانولوله کربنی عامل‌دار شده به عنوان حامل داروی سرطان
*** پژوهشگر در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و محاسبات کوانتومی
سرفصل های آموزش:

فصل 1 - شبیه‌سازی مولکولی 
1-1- آشنایی با روش‌های شبیه‌سازی مولکولی و اهمیت آن‌ها 
1-2- آشنایی با روش دینامیک مولکولی
1-3- آشنایی با نرم‌افزارهای شبیه‌سازی مولکولی و ویژگی‌های آن‌ها

فصل 2 - نرم افزار گرومکس
2-1- آشنایی با فضای لینوکس
2-2- آموزش  نصب نرم‌افزار گرومکس 

فصل 3  - شبیه‌سازی پروتئین  در آب 
3-1- آشنایی با فایل‌های ساختاری، ورودی، خروجی نرم افزار 
3-2- ساخت جعبه شبیه سازی و توپولوژی
3-3- حداقل‌سازی انرژی و تعادل رساندن سیستم 
3-4- اجرای شبیه‌سازی و آنالیز
3-5- تحلیل آنالیزها 

فصل  4 - شبیه‌سازی سیستم‌های غیرپروتئینی
4-1- ساخت توپولوژی با استفاده از سرورهای اتوماتیک 
4-2- اصول محاسبات کوانتومی با نرم‌افزار گوسین
4-3- شبیه سازی داروی داکسوروبیسین در آب
4-4- شبیه سازی پلیمر پلی‌اتیلن گلایکول در اتانول
4-5- شبیه سازی نانولوله کربنی در محیط آبی
4-6- شبیه سازی سیستم دوفازی 

فصل 5 - آنالیز نتایج
5-1- اصلاح میدان نیرو 
4-2- ساخت غشای دولایه همراه با پروتئین
4-3- آنالیزهای مربوط به غشای سلول 
4-4- شبیه سازی داروی داکسوروبیسین در آب
5-5- تعیین برهمکنش‌های واندوالس و الکترواستاتیک 
5-6- آنالیز تابع شعاعی
5-7- انالیز حلال‌پوشی
5-8- محاسبه ضریب نفوذ
5-9- آنالیز ساختاری پروتئین‌ها 

فصل 6- شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده 
6-1- آشنایی  با نمونه گیری چتری 
6-2- اصول شبیه‌سازی هدایت شده 
6-3- مراحل آنالیز نمونه‌‌گیری چتری
برای ثبت‌نام مستقیم، روی دکمه «ثبت‌نام مستقیم» کلیک کنید.

جهت ثبت‌نام از طریق سایت، ابتدا وارد سایت شوید و از طریق بلیط زیر در دوره ثبت‌نام کنید.

در صورت وجود مشکل با شماره 09104712036 تماس حاصل فرمایید یا به تلگرام همین شماره پیام دهید.

تصویر نمونه گواهی‌های پایان‌دوره در ادامه قابل مشاهده است:
 

بلیط شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)


# ثبت نام عنوان قیمت - تومان
1 ثبت نام دوره آموزش نرم‌افزار گرومکس(GROMACS) قیمت کل : ۲۹۹,۰۰۰
کد تخفیف ثبت کد تخفیف

سخنرانان شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)