دوره آموزشی غیرحضوری شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD مقدماتی

دوره آموزشی غیرحضوری شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD مقدماتی

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم‌افزار کامپیوتری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه‌نویسی موازی Charm++ نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم‌افزار، اغلب از آن برای شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ (شامل میلیون‌ها اتم) و سیستم‌های بیومولکولی استفاده می‌شود. این نرم‌افزار در سال 1995 توسط نلسون و همکارانش به عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه‌سازی بود؛ این نرم‌افزار با همکاری گروه بیوفیزیک تئوری و محاسباتی (TCB) و لابراتوار برنامه‌نویسی موازی (PPL) دانشگاه ایلینویز توسعه داده شده است و در سال‌های 2002 و 2012 برنده جوایز Gordon Bell و Sidney Fernbach  شد. در حال حاضر نرم‌افزار NAMD توسعه یافته، قابلیت‌ها و ویژگی‌های زیادی به آن اضافه شده و هسته‌های پردازشی آن به بیش از 500.000 هسته افزایش پیدا کرده است. نرم‌افزار NAMD به عنوان یک نرم‌افزار آزاد بدون استفاده تجاری برای بهره‌برداری‌های فردی، پژوهشی و کاری در دسترس همگان است. در جدیدترین شبیه‌سازی‌ها، از این نرم‌افزار برای شبیه‌سازی کروناویروس جدید و برهمکنش‌های آن با گیرنده‌های غشای سلولی میزبان استفاده می‌شود.

سایت آموزش فناوری نانو، دوره آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD – مقدماتی» با تدریس آقای مهندس امیر دشتی را برگزار می‌نماید؛ این دوره شامل ۳.۵ ساعت ویدیو آموزشی است.

** شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای ۵۰ درصد شوند، گواهی پایان دوره الکترونیکی (فارسی و انگلیسی) را دریافت می‌کنند.

***با توجه به اینکه این دوره شامل ۳.۵ ساعت دوره آموزشی است، هزینه ثبت‌نام در این دوره، 303 هزار تومان است.

مهندس امیر دشتی

* کارشناسی ارشد مهندسی مواد گرایش استخراج فلزات از دانشگاه صنعتی شریف و دانشجوی دکتری مهندسی مواد پژوهشگاه مواد و انرژی

* مدرس دانشگاه

* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه شبیه‌سازی با نرم‌افزارهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، کوانتومی و ....

* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه خوردگی، حفاظت و استخراج مواد

۱- مقدمات

                 - مفاهیم اولیه (سیستم، تأیید و اعتبارسنجی سیستم‌های شبیه‌سازی، الگوریتم ریاضی حل سیستم‌ها و ...)

                 - مقیاس شبیه‌سازی (ابعادی و زمانی)

                 - اصول شبیه‌سازی دینامیک مولکولی – شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک
 

۲- آماده‌سازی فایل‌های ورودی (فایل مختصات PDB، فایل توپولوژی، فایل توصیف ساختاری PSF ، فایل پارامتری و ....)

۳- کار با نرم‌افزار و بررسی چند مثال

                 - راه‌اندازی نرم‌افزار

                 - انبساط گاز CO₂

                 - شبیه‌سازی قطره آب H₂O و بررسی تحرکات حرارتی

برای کسب اطلاعات بیشتر درباره دوره با شماره‌  ۰۹۱۰۴۷۱۲۰۳۶ و ۶۶۱۲۳۰۱۲ تماس حاصل فرمایید.