بسته جامع شبیه سازی دینامیک مولکولی NAMD VMD LAMMPS
بسته جامع شبیه سازی دینامیک مولکولی NAMD VMD LAMMPS
- تاریخ شروع ۱۴۰۰/۰۸/۲۲
- زمان دوره ۱۸:۰۰
- تعداد شرکت کنندگان ۱۷۱
*** این دوره شامل 18 ساعت محتوای آموزشی (ویدیو و آزمون) است و علاقهمندان پس از ثبتنام در دوره، به محتوای آموزشی دوره دسترسی خواهند داشت؛ دانشجویان و فارغالتحصیلان رشتههای شیمی، زیستشناسی، مواد، فیزیک، فناوری نانو و علاقهمندان و پژوهشگران حوزههای شبیهسازی دینامیک ملکولی میتوانند از محتوای این دوره برای انجام مطالعات و پژوهشهای خود استفاده کنند.
*** دسترسی به دوره محدودیت زمانی ندارد و شرکتکنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد در آزمون پایاندوره شوند، گواهی الکترونیکی پایان دوره فارسی و انگلیسی را دریافت میکنند.
*** هزینه ثبتنام در این دوره 719 هزار تومان است که علاقهمندان میتوانند در دوره ثبتنام کنند.
ردیف | عنوان سرفصل | مدرس |
1 | شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار NAMD - مقدماتی | مهندس امیر دشتی |
2 | شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار NAMD و VMD – پیشرفته | مهندس مهران واعظی |
3 | شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار LAMMPS | مهندس مهران واعظی |
4 | شبیهسازی دینامیک مولکولی- تکمیلی NAMD/VMD & LAMMPS | مهندس مهران واعظی |
1- مقدمات
*** مفاهیم اولیه (سیستم، تأیید و اعتبارسنجی سیستمهای شبیهسازی، الگوریتم ریاضی حل سیستمها و ...)
*** مقیاس شبیهسازی (ابعادی و زمانی)
*** صول شبیهسازی دینامیک مولکولی – شبیهسازی دینامیک مولکولی کلاسیک
2- آمادهسازی فایلهای ورودی (فایل مختصات PDB، فایل توپولوژی، فایل توصیف ساختاری PSF ، فایل پارامتری و ....)
3- کار با نرمافزار و بررسی چند مثال
*** راهاندازی نرمافزار
*** انبساط گاز CO2
*** شبیهسازی قطره آب H2O و بررسی تحرکات حرارتی
شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار NAMD و VMD – پیشرفته
1- آشنایی با کاربردهای شبیهسازی دینامیک مولکولی
2- آشنایی با مبانی شبیهسازی دینامیک مولکولی
3- آموزش نرمافزار VMD
4- آموزش طراحی کانال غشایی توسط نرمافزار VMD
5- آموزش پیادهسازی شبیهسازی با استفاده از نرمافزار NAMD
6- آموزش نحوه استخراج دادههای خروجی و نحوه تحلیل دادهها
7- آموزش شبیهسازی SMD
8- بررسی عبور یون از کانال پروتئینی توسط شبیهسازی SMD
9- تحلیل دادههای خروجی و محاسبه تغییرات انرژی آزاد
شبیهسازی دینامیک مولکولی با نرمافزار LAMMPS
1- مبانی شبیهسازی با نرمافزار لمپس (قابلیتهای نرمافزار LAMMPS، میدانهای نیرو و پتانسیلها، معرفی مفهوم atom style در نرمافزار لمپس، معرفی سیستم یکاها در لمپس، مفهوم جعبه شبیهسازی و شرایط مرزی، معرفی آنسامبلها، کمینهسازی انرژی پتانسیل)
2- نصب نرمافزار و آموزش اجرای موازی و سری شبیهسازی
3- آموزش شبیهسازی سیستمهای غیر زیستی(شبیهسازی نانو-ایندنتیشن کریستال طلا با پروب الماس)
4- آموزش شبیهسازی سیستمهای زیستی(شبیهسازی برهمکنش نانوذره طلا و غشای سلولی)
شبیهسازی دینامیک مولکولی NAMD/VMD&LAMMPS - تکمیلی
1- معرفی بانکهای پروتئینی مختلف
2- طراحی توالی DNA و RNA دلخواه
3- طراحی غشاهای زیستی مختلف
4- آموزش نرمافزار Nanotube builder به منظور ساخت نانوتیوب و ساختارهای دو بعدی از جنسهای متفاوت
5- آموزش نرمافزار ATOMSK به منظور ایجاد ساختارهای کریستالی، پلی کریستالها و پلی کریستالهای متخلخل
6- آموزش ساخت ستاپ یونزدایی به کمک نانوتیوب کربنی با استفاده از نرمافزار VMD (طراحی ستاپ یک مقاله علمی)
7- بررسی رفتار نقطه اتصال طلا و نقره در یک نانوسیم به کمک نرمافزارهای ATOMSK ، LAMMPS و MATLAB (بررسی یک مقاله علمی از مرحله طراحی تا پردازش دادههای خروجی)
* دانشجوی دکتری فناوری نانو در پژوهشکده علوم و فناوری نانو دانشگاه صنعتی شریف
* فارغالتحصیل کارشناسی و کارشناسی ارشد فیزیک از دانشگاه صنعتی شریف
* سابقه تدریس نرمافزارهای شبیهسازی دینامیک مولکولی (NAMD و LAMMPS) در دانشگاه شریف
* سابقه پژوهشی در زمینه شبیهسازی دینامیک مولکولی
جناب آقای مهندس امیر دشتی
* کارشناسی ارشد مهندسی مواد گرایش استخراج فلزات از دانشگاه صنعتی شریف و دانشجوی دکتری مهندسی مواد پژوهشگاه مواد و انرژی
* مدرس دانشگاه
* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه شبیهسازی با نرمافزارهای شبیهسازی دینامیک مولکولی، کوانتومی و ....
* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه خوردگی، حفاظت و استخراج مواد
عدم محدودیت زمانی برای شرکت در آزمون
(در ارتباط با شرکت در آزمون پایاندوره به نکات زیر دقت فرمایید:
- ترجیحا از سیستم/کامپیوتر و مرورگر فایرفاکس استفاده کنید.
- در حین آزمون، صفحه را رفرش نکنید و دکمه Back را نزنید.
- تب دیگری را در حین آزمون باز نکنید.
- هیچ آزمونی تحت عنوان آزمون آزمایشی وجود ندارد و در صورت کسب قبولی بالای 50% سیستم بطور خودکار بسته خواهد شد.
- تنها اولین آزمون شما، رایگان است و 4 بار دیگر امکان آزمون مجدد را خواهید داشت که با پرداخت هزینه همراه است.)
ارائه گواهی الکترونیکی به صورت فارسی و انگلیسی پس از اتمام موفقیت آمیز دوره
امکان مشاهده دوره آموزشی بلافاصله پس از پرداخت از طریق کیف پول
بلیط بسته جامع شبیه سازی دینامیک مولکولی NAMD VMD LAMMPS
# | ثبت نام | عنوان | قیمت - تومان |
---|---|---|---|
1 | ثبت نام | بسته جامع شبیهسازی دینامیک مولکولی «NAMD/VMD&LAMMPS» | قیمت کل : ۷۱۹,۰۰۰ |