بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»

 
  • تاریخ درج ۱۳۹۹/۰۵/۲۱
  • تعداد بازدید ۱۵۷
 
موضوع

آموزش غیرحضوری
 
 
امتیاز کاربران

امتیاز از ۵ (۰ رای)

 
 
 

بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»


بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»، با تدریس مهندس دشتی و مهندس واعظی از تاریخ 28 مردادماه در اختیار کاربران قرار می‌گیرد. این بسته شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل 7.5 ساعت ویدیوی آموزشی است. فایل‌های نرم‌افزاری و مثال‌ها در اختیار شرکت‌کنندگان دوره قرار می‌گیرد. همچنین امکان ثبت‌نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد. آزمون پایان دوره، 16 الی 23 شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند.

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم‌افزار کامپیوتری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه‌نویسی موازی ++Charm نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم‌افزار، اغلب از آن برای شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ (شامل میلیون‌ها اتم) و سیستم‌های بیومولکولی استفاده می‌شود. این نرم‌افزار در سال 1995 توسط نلسون و همکارانش به عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه‌سازی بود.

VMD برای مدلسازی، تجسم و تجزیه و تحلیل سیستم‌های زیستی نظیر پروتئین‌ها، نوکلئیک اسیدها و لایه‌های لیپیدی طراحی شده است؛ از آنجایی که این نرم‌افزار می‌تواند فایل‌های بانک داده پروتئین استاندارد (PDB) را بخواند و ساختار دربرگیرنده آن‌ها را نمایش دهد، می‌توان از آن برای مولکول‌های متداول‌تر نیز استفاده کرد. VMD از روش‌های مختلفی برای نمایش و رنگ‌آمیزی مولکول‌ها استفاده می‌کند و می‌تواند برای متحرک‌سازی و آنالیز شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نیز استفاده شود. به صورت خاص این نرم‌افزار به عنوان نمای گرافیکی یک برنامه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده می‌شود و قادر است تحرک مولکول را تحت شرایط شبیه‌سازی به صورت متحرک به نمایش درآورد.


بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD» شامل دو دوره (1) مقدماتی، با تدریس آقای مهندس امیر دشتی، و (2) پیشرفته با تدریس آقای مهندس مهران واعظی، از تاریخ  28 مردادماه در اختیار کاربران قرار می‌گیرد؛ این بسته آموزشی مجموعاً شامل 7.5 ساعت ویدیو آموزشی است.


 

** آزمون پایان دوره 16 الی 23 شهریورماه در سایت آموزش نانو به صورت آنلاین برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد در هر دوره شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند. افرادی که در تاریخ ذکر شده آزمون می‌دهند، گواهی خود را مهر 1399 دریافت خواهند‌ کرد.


 

***هزینه ثبت‌نام در دوره مقدماتی 70 هزار تومان و هزینه ثبت‎‌نام در دوره پیشرفته 85 هزار تومان است و برای افرادی که تمایل دارند در هر دو دوره شرکت کنند، هزینه بسته 124 هزار تومان در نظر گرفته شده است.


 

بسته آموزشی «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»
ردیف عنوان دوره مدت دوره مدرس سرفصل‌ها هزینه دوره گواهی
1 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD مقدماتی 3.5 ساعت مهندس امیر دشتی

1- مقدمات

- مفاهیم اولیه (سیستم، تأیید و اعتبارسنجی سیستم‌های شبیه‌سازی، الگوریتم ریاضی حل سیستم‌ها و ...)

- مقیاس شبیه‌سازی (ابعادی و زمانی)

- اصول شبیه‌سازی دینامیک مولکولی – شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک

2- آماده‌سازی فایل‌های ورودی (فایل مختصات PDB، فایل توپولوژی، فایل توصیف ساختاری PSF ، فایل پارامتری و ....)

3- کار با نرم‌افزار و بررسی چند مثال

- راه‌اندازی نرم‌افزار

- انبساط گاز CO2

- شبیه‌سازی قطره آب H2O و بررسی تحرکات حرارتی

70 هزار تومان گواهی دارد
2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD – پیشرفته 4 ساعت مهندس مهران واعظی

1- آشنایی با کاربردهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

2- آشنایی با مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

3- آموزش نرم‌افزار VMD

4- آموزش طراحی کانال غشایی توسط نرم‌افزار VMD

5- آموزش پیاده‌سازی شبیه‌سازی با استفاده از نرم‌افزار NAMD

6- آموزش نحوه استخراج داده‌های خروجی و نحوه تحلیل داده‌ها

7- آموزش شبیه‌سازی SMD

8- بررسی عبور یون از کانال پروتئینی توسط شبیه‌سازی SMD

9- تحلیل داده‌های خروجی و محاسبه تغییرات انرژی آزاد

85 هزار تومان گواهی دارد
3 بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD» - دو دوره 7.5 ساعت مجموع سرفصل‌ها

155 هزار تومان

124هزار تومان

گواهی دارد

زمان‌بندی بسته آموزشی «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»
شروع‌ دسترسی پایان دسترسی آزمون ارسال گواهی
28 مردادماه تا پایان سال 16 الی 23 شهریورماه مهرماه



 

این دوره در پلتفرم دستیار خوب (www.dastyarekhoob.ir) قابل مشاهده است.

برای دسترسی به دوره، ثبت‌نام‎کنندگان به پلتفرم دستیار خوب مراجعه کنند و برای ورود، اطلاعات خود را به صورت زیر وارد کنند:

ایمیل: ایمیل ثبت‌نامی

رمز عبور: کدملی 10 رقمی

گفتنی است از 28 مردادماه، اکانت دسترسی افراد ثبت‌نامی ایجاد شده و این دوره قابل مشاهده است.


 


 

آقای مهندس امیر دشتی

* کارشناسی ارشد مهندسی مواد گرایش استخراج فلزات از دانشگاه صنعتی شریف و دانشجوی دکتری مهندسی مواد پژوهشگاه مواد و انرژی

* مدرس دانشگاه

* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه شبیه‌سازی با نرم‌افزارهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، کوانتومی و ....

* تدریس، پژوهش و چاپ مقالات علمی در زمینه خوردگی، حفاظت و استخراج مواد


 

آقای مهندس مهران واعظی

* دانشجوی دکتری فناوری نانو در پژوهشکده علوم و فناوری نانو دانشگاه صنعتی شریف

* دارای مدرک کارشناسی و کارشناسی ارشد فیزیک از دانشگاه صنعتی شریف

* سابقه تدریس نرم‌افزارهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (NAMD و LAMMPS) در دانشگاه شریف

* سابقه پژوهشی در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی


 


 

دوره اول: شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD مقدماتی

1- مقدمات

 - مفاهیم اولیه (سیستم، تأیید و اعتبارسنجی سیستم‌های شبیه‌سازی، الگوریتم ریاضی حل سیستم‌ها و ...)

 - مقیاس شبیه‌سازی (ابعادی و زمانی)

 - اصول شبیه‌سازی دینامیک مولکولی – شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک

2- آماده‌سازی فایل‌های ورودی (فایل مختصات PDB، فایل توپولوژی، فایل توصیف ساختاری PSF ، فایل پارامتری و ....)

3- کار با نرم‌افزار و بررسی چند مثال

 - راه‌اندازی نرم‌افزار

 - انبساط گاز CO2

 - شبیه‌سازی قطره آب H2O و بررسی تحرکات حرارتی


 

دوره دوم: شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD – پیشرفته

1- آشنایی با کاربردهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

2- آشنایی با مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

3- آموزش نرم‌افزار VMD

4- آموزش طراحی کانال غشایی توسط نرم‌افزار VMD

5- آموزش پیاده‌سازی شبیه‌سازی با استفاده از نرم‌افزار NAMD

6- آموزش نحوه استخراج داده‌های خروجی و نحوه تحلیل داده‌ها

7- آموزش شبیه‌سازی SMD

8- بررسی عبور یون از کانال پروتئینی توسط شبیه‌سازی SMD

9- تحلیل داده‌های خروجی و محاسبه تغییرات انرژی آزاد



 جهت ثبت‌نام و پرداخت آنلاین می‌توانید از طریق لینک‌های زیر اقدام کنید:

ثبت‌نام در دوره‌های بسته آموزشی «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»
ردیف عنوان دوره هزینه دوره لینک ثبت‌نام
1 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD مقدماتی  70 هزار تومان


 
2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD – پیشرفته 85 هزار تومان


 
3 بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD» - دو دوره

155 هزار تومان

124 هزار تومان



 


 

برای کسب اطلاعات بیشتر درباره دوره با شماره‌  09104712036 تماس حاصل فرمایید.

ارسال نظر