شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار

شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار


شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار
  • تاریخ شروع ۱۴۰۰/۰۳/۱۷
  • زمان دوره ۱۵:۰۰
  • تعداد شرکت کنندگان ۲۵
امروزه کامپیوتر در زیست‌شناسی کاربردهای فراوانی پیدا کرده است؛ یکی از مهم‌ترین این کاربردها برهمکنش مولکول‌هاست که با نام علمی داکینگ مولکولی شناخته می‌شود. هر واکنشی که در بدن اتفاق می‌افتد حاصل اینتراکشن بین مولکول‌هاست. اینتراکشن به علت نیروهای مختلف بین مولکولی در بدن رخ می‌دهد. در داکینگ ابتدا به این موضوع پرداخته خواهد شد که آیا دو مولکول می‌توانند اینتراکشن داشته باشند؟ و اگر می‌توانند در چه حالتی این مولکول‌ها می‌توانند بیشترین اینتراکشن و کمترین انرژی ممکن را با هم داشته باشند؟ در بررسی اینترکشن بین دو مولکول بسیار مهم است که بدانید حالت فضایی دو مولکول مکمل هم هست یا خیر؟ و اگر مکمل هست انرژی و بار الکترواستاتیک روی سطح آنها، آیا با هم همخوانی دارد یا خیر؟ در صورت مثبت بودن پاسخ این دو سوال می‌توان نتیجه گرفت که این دو مولکول پتانسیل برقراری اینتراکشن را با هم دارند. انواع مختلفی از پیوندهای بین مولکولی در اینتراکشن بین مولکول‌ها در بدن دخیل هستند؛ مانند پیوندهای واندروالسی، اینتراکشن‌های هیدروفوبیک، یون-یون و .... اما در داکینگ مهم‌ترین اینتراکشن‌هایی که به دنبال آن هستیم پیوندهای هیدروژنی هستند. انواع مختلفی از مولکول نیز در بدن وجود دارند از ماکرومولکول‌های بزرگ تا مولکول‌های بسیار ریز در حد چند اتم. اما کدام مولکول‌ها برای داکینگ مناسب‌تر هستند؟ پروتئین‌ها، مولکول DNA و مولکول‌های آلی کوچک که ممکن است بسیار ساده یا پیچیده باشند.
داکینگ همچنین پرکاربردترین ابزار در طراحی محاسباتی دارو است. این روش صحیح‌ترین روش برای پیشگویی ترکیبات ویژه جهت انجام یا مهار اینتراکشن است. به همین علت شرکت‌های داروسازی، تعداد بسیار زیادی از ترکیبات را توسط داکینگ تحلیل می‌کنند و در صورت نیاز، ترکیبات با بهترین نتیجه داکینگ سنتز شده و در آزمایشگاه تحلیل می‌شود. بنابراین روش داکینگ نقش مهمی در تحقیقات دارویی ایفا می‌کند و می‌تواند روشی سودمند و با صرفه اقتصادی (کاهش تعداد آزمایشات و صرفه‌جویی در زمان و هزینه) در فرآیند طراحی دارو باشد. داکینگ یک الگوریتم کامپیوتری است که نحوه اتصال ترکیب به جایگاه فعال پروتیئن را مشخص می‌کند؛ فرآیند داکینگ شامل تعیین جهت‌گیری، ساختار هندسی کنفورماسیونی و رتبه‌بندی است که رتبه‌بندی معیار اندازه‌گیری انرژی اتصال یا انرژی آزاد است.
امروزه استفاده از نانومواد توسعه بسیار زیادی یافته است و از این‌رو نانومواد به صورت خواسته یا ناخواسته وارد بدن می‌شوند. از روش‌های مستقیم ورود نانوذرات به بدن، استفاده از نانوداروها در درمان بیماری‌هاست و از روش‌های غیرمستقیم می‌توان به استفاده از نانوذرات در تصفیه آب و پساب و ورود بقایای نانوذرات به داخل بدن اشاره کرد. با ورود نانوذرات به داخل بدن، این مواد با مولکول‌های داخل بدن اینترکشن برقرار می‌کنند؛ بنابراین بررسی برهمکنش نانومواد با مولکول‌های بدن، قبل از استفاده و حتی قبل از سنتز، در تولید نانوداروها و دیگر محصولات برپایه نانوذرات و نانومواد، ضروری است.

 


دوره آموزشی غیرحضوری  «شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)» با تدریس جناب آقای حمزه صالح‌زاده در سایت آموزش فناوری نانو ارائه شده است. این دوره شامل 15ساعت محتوای آموزشی (ویدیو، متن و آزمون) است و علاقه‌مندان پس از ثبت‌نام، به محتوای آموزشی دوره دسترسی خواهند داشت.

- این محتوا از طریق بستر سایت آموزش فناوری نانو قابل مشاهده و استفاده است.

** آزمون پایان دوره پس از دسترسی به دوره و در صورت پایان مراحل آموزشی بر روی پلتفرم جدید سایت آموزش نانو، به صورت آنلاین برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی پایان دوره (فارسی و انگلیسی) را به صورت الکترونیک و چاپ شده دریافت می‌کنند.
*** شرکت در آزمون پایان دوره محدودیت زمانی ندارد.
** در صورت کسب حدنصاب لازم در آزمون، گواهی پایان دوره الکترونیک بلافاصله از طریق سایت در دسترس بوده و گواهی چاپ شده یک ماه پس از آزمون صادر و ارسال خواهد شد.

** اطلاعات درج شده شما در سایت مستقیما ًبرای صدور و ارسال گواهی استفاده خواهد شد.

 

جهت ثبت‌نام در دوره آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)» دو راه وجود دارد:

1- ثبت‌نام از طریق همین صفحه

2- در صورتی که موفق به ثبت‌نام از طریق سایت و همین صفحه نشدید، به لینک زیر مراجعه کنید:


 

علاقه‌مندانی که از طریق زرین پال در این رویداد ثبت‌نام می‌کنند، 24 ساعت پس از ثبت‌نام، به محتوای دوره در سایت آموزش فناوری نانو دسترسی خواهند داشت.

جناب آقای حمزه صالح‌زاده

- دانشجوی دکترای تخصصی مهندسی بهداشت محیط دانشگاه علوم پزشکی کردستان
- مؤلف، مترجم و همکاری در تألیف و ترجمه چندین کتاب در حوزه سم‌شناسی و بهداشت
- نخبه کشوری وزارت بهداشت
- برنده جایزه بنیاد البرز
- پژوهشگر در زمینه سم‌شناسی و بهداشت
1- مقدمه‌ای بر داکینگ مولکولی
2- محیط‌های in vivo, in vitro, in silico
3- داکینگ وهدف از طراحی دارو
4- شناسایی مولکولی

5- تعریف داکینگ مولکولی
  • مدل‌های داکینگ مولکولی
  • روش‌های تجربی
6- کاربردهای داکینگ مولکولی
7- انواع داکینگ 
8- باندینگ مد (Pose)
9- طراحی داروی جدید
10- عوامل مؤثر برداکینگ (عوامل داخل مولکولی و بین‌مولکولی)

11- نقش برهمکنش‌ها
12- آشنایی با رسپتور و لیگاند
  • دستیابی به ساختار لیگاند
  • بهینه سازی ساختا
  • دستیابی به ساختار رسپتورها (Targets)
  • شرایط Targets
13- اجزای نرم‌افزار داکینگ
14- نمایشگر مولکولی
15- انواع امتیاز دهی به نرم افزارهای داکینگ مولکولی
16- الگوریتم های جستجو
17- دیتابیس های مواد شیمیایی (آشنایی و استفاده)
  • دیتابیس Pubchem
  • دیتابیس ChemSpider
  • دیتابیس drugbank
  • دیتابیس RCSB-PDB
  • دیتابیس UniPort
  • دریافت ساختار پروتئین‌ها
  • بهینه سازی ساختار
  • غربالگری لیگاندها
  • کار با سرور Swiss ADME
18- آماده‌سازی لیگاند
19- آماده‌سازی رسپتور
20- نرم‌افزارهای داکینگ مولکولی (آموزش دانلود، نصب، توضیحات ضروری و نحوه استفاده)
  • نرم‌افزار ADT
  • نرم‌افزار Chemoffice
  • نرم‌افزار Gaussian
  • نرم افزار Viewerlite
  • نرم افزار Notepad++
  • نرم افزار Open Babel
  • نرم افزار LigPlot+
  • نرم افزار discovery studio
  • نرم افزار Python Molecule Viewer
  • نرم افزار AutoDock
21- کار با AutoDock
22- ساخت فایل Pdbqt با AutoDock
23- ساخت grid و فایل gpf با AutoDock
24- دستورها و اصول داکینگ
25- آنالیز خروجی
26- نرم‌افزار AutoDock Vina
(دانلود، نصب، توضیحات ضروری، آماده‌سازی لیگاند و رسپتور، کار با نرم‌افزار، آنالیز خروجی)
27- انجام چند مورد داکینگ
28- تفسیر نتایج با Ligplot
29- بررسی چند مورد از مقالات داکینگ مولکولی نانوذرات
30- آشنایی با نرم‌افزار Molegro Virtual Docker جهت داکینگ مولکولی
(دانلود، نصب نرم‌افزار، توضیحات ضروری و کار با نرم‌افزار)
31- ساختارهای ورودی نرم‌افزار Molegro Virtual Docker (ساختار پروتئین و ساختارهای سه بعدی مورد نیاز لیگاند)
32- آماده‌سازی ساختار پروتئین
33- آماده‌سازی لیگاند

 
دانشجویان، اساتید، محققین و شاغلین رشته‌های:
♦ نانوفناوری،
♦ شیمی (تمام گرایش‌ها)،
♦ بیوشیمی،
♦ فیزیولوژی،
♦ زیست‌شناسی مولکولی،
♦ بیوانفورماتیک،
♦ داروسازی،
♦ محیط زیست،
♦ بهداشت (محیط و حرفه‌ای)،
♦ نانوفناوری پزشکی،
♦ سم‌شناسی،
♦ پزشکی،
♦ پیراپزشکی،
♦ علوم کامپیوتر، و
♦ ...

 

دوره‌های آموزشی غیرحضوری سایت آموزش فناوری نانو، در بخش دوره‌های غیرحضوری قرار گرفته است. در ادامه نحوه ثبت‌نام و دسترسی به دوره، مشاهده دوره و شرکت در آزمون پایان دوره آورده شده است.

برای دسترسی به دوره، ترجیحاً از طریق مرورگر فایرفاکس آپدیت شده، ابتدا وارد سایت آموزش شوید و سپس از طریق لینک زیر در سایت ثبت‌نام کنید:

عضویت در سایت


با تکمیل و تأیید فرم ثبت‌نام، ایمیل فعالسازی حساب کاربری برای شما ارسال خواهد شد؛ با تأیید لینک فعالسازی ارسال شده به ایمیل، عضو سایت خواهید شد.
 

پس از تکمیل ثبت‌نام، مجدد به سایت https://nanoeducation.ir مراجعه کنید و با استفاده از اطلاعات ثبت‌نامی خود وارد سایت شوید:

با اولین لاگین در پلتفرم جدید سایت آموزش فناوری نانو، 5000 تومان اعتبار اولیه هدیه به شما تعلق خواهد گرفت. بعد از ورود به سیستم و جهت افزایش موجودی کیف پول خود در سایت، برای ثبت‌نام در دوره آموزشی غیرحضوری مدنظر خود، بر روی گزینه موجودی در کنار نام کاربری خود کلیک کنید:

با کلیک بر روی گزینه موجودی، به صفحه پرداخت سایت منتقل می‌شوید و می‌توانید موجودی کیف پول خود را در سایت افزایش دهید:
 


 

پس از افزایش موجودی و جهت انتخاب دوره مدنظر خود و ثبت‌نام در دوره، به لینک زیر وارد شوید:

دوره‌های آموزشی غیرحضوری سایت آموزش فناوری نانو

با کلیک بر روی عنوان دوره مدنظر خود، به صفحه دوره منتقل می‌شوید و می‌توانید در دوره ثبت‌نام کنید:


پس از ثبت‌نام، دکمه ورود به کلاس برای شما فعال خواهد شد و می‌توانید به محتوای دوره دسترسی پیدا کنید.


 


 

همچنین با کلیک بر روی نام کاربری خود در سایت آموزش و از بخشرویدادهای من، به دوره ثبت‌نامی خود دسترسی خواهید داشت.

در این صفحه با کلیک بر روی آیکن ورود به کلاس، به صفحه دوره منتقل خواهید شد.


 

در صفحه دوره، لیست جلسات دوره را در منوی سمت راست مشاهده خواهید کرد. به صورت پیش فرض محتوای سرفصل اول از جلسه اول برای شما نمایش داده می‌شود.


دقت کنید زمانی به محتوای سرفصل‌های بعدی در جلسه اول یا جلسات بعدی دسترسی خواهید داشت که بخش های قبلی را مشاهده کرده و بر روی دکمه تأیید و ادامه کلیک کرده باشید در غیر این صورت سیستم اجازه مشاهده سرفصل‌ها و جلسات بعدی را به شما نمی‌دهد.
 

در صورتی که بر روی دکمه تأیید و ادامه کلیک کرده باشید، آیکن تیک در کنار عنوان سرفصل نمایش داده می‌شود که نشان‌دهنده تکمیل محتوای سرفصل فعلی است. در این حالت سرفصل بعدی به شما نمایش داده خواهد شد.
 

در صورتی که همه سرفصل‌ها را مشاهده کرده باشید و بخواهید دوره را مرور کنید کافی است بر روی عنوان هر جلسه یا سرفصل کلیک کنید. با کلیک بر روی هر سرفصل، محتوای سرفصل را مشاهده خواهید کرد.

پس از اطمینان از تکمیل آموزش خود می‌توانید در آزمون پایان دوره شرکت کنید.

آزمون پایان دوره در صفحه خود دوره و پس از تکمیل مشاهده همه سرفصل‌ها فعال خواهد شد. پس از مشاهده آخرین سرفصل دوره بر روی دکمه تأیید نهایی کلیک کنید.


پس از کلیک بر روی تأیید نهایی، بخش تأیید اطلاعات شخصی و ثبت نهایی و انجام آزمون در انتهای منوی سمت راست قابل مشاهده خواهد بود. در صورت تأیید و تکمیل اطلاعات خود در سایت آموزش و در صورت آمادگی برای شرکت در آزمون، بر روی ثبت نهایی و انجام آزمون کلیک کنید. گفتنی است اطلاعات تأیید شده مستقیماً برای صدور گواهی استفاده می‌شوند؛ بنابراین نیاز است که اطلاعات خود را به صورت دقیق و صحیح وارد کنید.



پس از کلیک بر روی دکمه ثبت نهایی و انجام آزمون، به صفحه آزمون منتقل می‌شوید و می‌توانید یک باربه صورت رایگان در آزمون شرکت کنید.

در حین آزمون از زدن دکمه بازگشت یا بستن صفحه خودداری کنید. پس از پایان پاسخگویی در زمان مجاز آزمون، بر روی ثبت آزمون کلیک کنید.

پس از ثبت موفقیت‌آمیز آزمون، نتیجه آزمون خود را مشاهده خواهید کرد.
 


 

در صورت کسب نمره بالای 50 درصد، گواهی آنلاین شما بلافاصله از طریق سایت قابل مشاهده بوده و گواهی چاپ شده شما یک ماه پس از آزمون صادر و ارسال خواهد شد.

در صورت عدم قبولی در آزمون، امکان آزمون مجدد وجود دارد. در صورت عدم قبولی در اولین آزمون و شرکت مجدد در آزمون پایان دوره، مبلغ 15 هزار تومان از کیف پول شما کسر خواهد شد.

برای مشاهده گواهی آنلاین خود در صورت قبولی، می‌توانید به صفحه رویدادهای من مراجعه کنید و از بخش وضعیت گواهی، گواهی خود را مشاهده کنید.

 



همچینین از این صفحه می‌توانید وضعیت ارسال گواهی چاپ شده خود را نیز پیگیری کنید.

در صورت وجود مشکل با شماره 09104712036 تماس حاصل فرمایید یا به تلگرام همین شماره پیام دهید.
 

تصویر نمونه گواهی‌های پایان‌دوره در ادامه قابل مشاهده است:

بلیط شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار


# ثبت نام عنوان قیمت - تومان
1 ثبت نام دوره آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)» قیمت کل : ۲۹۹,۰۰۰
بعد از تخفیف سایت : ۲۰۹,۳۰۰
کد تخفیف ثبت کد تخفیف

سخنرانان شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار


شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (Molecular Docking)؛ تئوری و کار با نرم‌افزار

حمزه صالح زاده